Η περιγραφική καταλογογράφηση του υλικού της Βιβλιοθήκης του Ιονίου Πανεπιστημίου γίνεται με τους Anglo-American Cataloguing Rules, 2nd rev. ed., η δε θεματική καταλογογράφηση με τις Θεματικές Επικεφαλίδες της Βιβλιοθήκης του Κονγκρέσου (Library of Congress Subject Headings) μεταφρασμένες και προσαρμοσμένες στην ελληνική γλώσσα.

Η ταξινόμηση γίνεται με βάση τη Δεκαδική Ταξινόμηση Dewey.

Τα περιοδικά δεν ταξινομούνται, αλλά ταξιθετούνται στα ράφια αλφαβητικά κατά τίτλο.